Para poder te explica da forma mais simples possível, vamos partir do princípio de que existam apenas 3 formas distintas de instalar o HA em uma máquina: HasOS, Supervised e Containerized.
HasOS —> Sistema operacional completo, contendo uma distro estável (Debian) e o HA. O Docker aqui não está “visível” para os usuários, mas ele está rodando um background para poder subir os containers dos Addons de forma imperceptível. Notamos isso de forma mais clara quando, ao rodar o Frigate, a instalação pede o caminho com apenas o nome do container (ccbba…) ao invés do endereço IP. Container rodando dentro de uma mesma rede local, não precisam de endereço IP completo, apenas nome do container.
Supervised —> Necessita obrigatoriamente de uma distro estável (Debian) e do Docker para poder rodar. Sua instalação é bem parecida com a do HasOS, entretanto, necessita de um pouco mais de “trabalho” para que tudo funcione corretamente. Sua instalação sempre será como Host e privileged mas a diferença entre esse e o HasOS é que nessa opção você tem mais controle da máquina e pode rodar outras aplicações enquanto o HA trabalha. Entretanto, como ele sobe de forma prioritária e - apesar do Docker está acima dele - sempre que reiniciar o HA toda a máquina também será reiniciada, agindo de forma bem semelhante ao HasOS.
Containerized —> Necessita obrigatoriamente de uma distro estável (Debian) e do Docker para poder rodar. Sua instalação pode tanto ser pelo Docker Composer como por linha de comando. A grande diferença aqui é que como ele roda dentro do Docker - mas de forma diferente do Supervised - ao reiniciar apenas a instância do HA, toda a máquina continuará trabalhando normalmente e apenas o HA será reiniciado. O lado positivo disso é que, outra aplicações como o Node-RED, Frigate, Zigbee2MQTT, EMQx e tantas outras não param de funcionar durante a reinicialização do HA. Por outro lado, nessa modalidade, não existe a opção de restaurar backup ou instalar Addons de forma nativa, precisando fazê-lo através do Docker.
Entendido a diferenciação básica entre as formas de instalar o HA? A primeira já traz tudo e não requer muito conhecimento; A segunda precisa de um pouco de conhecimento de OS e Docker, mas também traz tudo e a terceira, precisa de conhecimento em Docker um pouco mais avançado, mas te dá a liberdade de instalar coisas que sequer existem no ecossistema do HA 
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Minha mais sincera opnião sobre o assunto? Bom, tenho 3 máquinas rodando em Cluster aqui em casa e de forma geral prefiro muito mais ter trabalho mas saber exatamente o que será feito do que ter tranquilidade de instalação, mas quando der problemas não saber nem por onde começar para solucionar.
Sem contar que uma das coisas que mais me irritavam no HasOS era o fato de ter atualizado algo e na hora de reiniciar, parava tudo de funcionar e era um inferno na minha vida, sem contar que para carregar tudo sempre foi bastante demorado. Agora, atualizo as coisas do HACS e reinicio e tudo continua funcionando 24/7 (principalmente o Plex, com os desenhos da Barbie que minha filhas sempre assistem, por mais que já saibam até as falas dos personagens).
Se precisar de ajuda para fazer um teste, avisa ai que faço um Tut bem rapidinho aqui dentro mesmo
Forte abraço